Las manzanas se encuentran entre las frutas más consumidas a nivel mundial. Representan una fuente de exposición humana directa a comunidades bacterianas, que está menos estudiada. Analizamos el microbioma de manzana para detectar diferencias entre tejidos y el impacto del manejo orgánico y convencional mediante un enfoque combinado de análisis de amplicón del gen 16S rRNA y qPCR, y visualización mediante hibridación de fluorescencia in situ y microscopía de escaneo láser confocal (FISH-CLSM).
Cada fruta de manzana alberga diferentes tejidos (tallo, cáscara, pulpa de fruta, semillas y cáliz) que fueron colonizados por distintas comunidades bacterianas.
Curiosamente, la pulpa de la fruta y las semillas eran puntos calientes bacterianos, mientras que la cáscara estaba menos colonizada.
En total, se determinaron aproximadamente 108 números de copias de genes bacterianos de ARNr 16S en cada manzana g. La práctica de manejo no influyó en la abundancia, pero encontramos una fuerte reducción en la diversidad bacteriana y la uniformidad en las manzanas administradas convencionalmente.
Además, a pesar de la estructura similar en general dominada por Proteobacteria (80%), Bacteroidetes (9%), Actinobacteria (5%) y Firmicutes (3%), se monitorearon cambios significativos de casi el 40% de los géneros y órdenes bacterianos. Entre ellos, se encontró que las firmas bacterianas conocidas por su potencial para afectar la salud se mejoraron en las manzanas de manejo convencional.
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