La neumonía por aspiración es una infección causada por microorganismos específicos, mientras que la neumonitis química es una reacción inflamatoria al contenido gástrico irritativo.
Los conocimientos de la microbiota normal de las vías respiratorias bajas evolucionaron con el empleo de la reacción en cadena de la polimerasa, la secuenciación de los genes bacterianos del ARN ribosomal 16S y la metagenómica. Métodos genómicos revelaron la presencia de diversas comunidades de microbiota.
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